|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
|
|
Automatická konfigurace obslužných nástrojů pro FPGA firmware
Perešíni, Martin ; Matoušek, Jiří (oponent) ; Kučera, Jan (vedoucí práce)
Táto bakalárska práca sa zaoberá návrhom automatickej konfigurácie obslužných nástrojov pre FPGA firmvér. Zadanie práce je riešené v rámci výskumnej aktivity združenia CESNET, ktoré sa venuje vývoju hardvérovo akcelerovaných sieťových kariet postavených na technológií FPGA. Cieľom práce je náhrada súčasného neflexibilného systému pre popis štruktúry firmvéru, ktorý je použitý združením v projektoch NIC, HANIC a SDM. Pôvodný systém je založený na popise firmvéru samostatným XML súborom, ktorý je vytváraný ručne pre každú konfiguráciu. Na základe dôkladnej analýzy problémov systému bol vytvorený návrh. Následne bol tento systém nahradený Device Tree popisom, ktorý dovoľuje automatické generovanie popisu konfigurácie zmenou v prekladovom systéme platformy NetCOPE. Vygenerovaný popis je priamo distribuovaný spolu s hardvérovou konfiguráciou. Softvérové nástroje pracujúce s firmvérom využijú popis pre prácu s firmvérom. V práci bol návrh systému implementovaný a následne bola úspešne overená jeho funkčnosť na nástroji ethctl. Na záver práce sú spomenuté ďalšie možné rozšírenia systému.
|
|
|
Automatická konfigurace obslužných nástrojů pro FPGA firmware
Perešíni, Martin ; Matoušek, Jiří (oponent) ; Kučera, Jan (vedoucí práce)
Táto bakalárska práca sa zaoberá návrhom automatickej konfigurácie obslužných nástrojov pre FPGA firmvér. Zadanie práce je riešené v rámci výskumnej aktivity združenia CESNET, ktoré sa venuje vývoju hardvérovo akcelerovaných sieťových kariet postavených na technológií FPGA. Cieľom práce je náhrada súčasného neflexibilného systému pre popis štruktúry firmvéru, ktorý je použitý združením v projektoch NIC, HANIC a SDM. Pôvodný systém je založený na popise firmvéru samostatným XML súborom, ktorý je vytváraný ručne pre každú konfiguráciu. Na základe dôkladnej analýzy problémov systému bol vytvorený návrh. Následne bol tento systém nahradený Device Tree popisom, ktorý dovoľuje automatické generovanie popisu konfigurácie zmenou v prekladovom systéme platformy NetCOPE. Vygenerovaný popis je priamo distribuovaný spolu s hardvérovou konfiguráciou. Softvérové nástroje pracujúce s firmvérom využijú popis pre prácu s firmvérom. V práci bol návrh systému implementovaný a následne bola úspešne overená jeho funkčnosť na nástroji ethctl. Na záver práce sú spomenuté ďalšie možné rozšírenia systému.
|
|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
host ::
RSS.